Na ja. Azbest jól írja.
A forráskód visszafejtése kb. az, hogy a kész programot, ami le van fordítva, megpróbálod úgy elemezni, hogy a végén kb. megtudd, mit pötyögött be a programozó, aki írta. De ez nehéz.

Open source-oknál ugye megkapod, megkaphatod a forrást (sőt, általában kötelező kiadnod, ha saját progit írsz, és olyan licenc alatt terjeszted), és abba bele is piszkálhatsz, ha neked nem jó úgy.
De pl. ha saját magadnak fordítod, akkor megteheted, hogy a gépedre optimalizáltan fordítod. Pl. pont az mplayer a legjobb példa, megfelelően fordítva jobban kihasználja a hardvert->gyengépp hardveren is lehet vele filmet nézni.