rsync: beállítástól függ, vagy csak az utolsó módosítás/kreálás dátumát nézi végig és az alapján dönt vagy mondhatod neki, hogy csináljon md5-ös checksumot minden fájlról és az alapján döntse el, hogy változott-e valami.

ha titkosítani kell, akkor lehet, nem az rsync a jó megoldás, hanem tar vagy hasonlók. a tarfájlt már lehetne titkosítani.