Egyébként asszem megvan mi volt a probléma. Nem csak a MiniUPnP volt bekapcsolva, hanem a WAN beállításoknál is engedélyezve volt az UPnP. Ahogy kikapcsoltam azonnal megszűntek az ilyen bejegyzések a logban.
kernel: nf_conntrack: nf_conntrack: table full, dropping packet
miniupnpd[4204]: sendto(udp_notify=9,): Operation not permitted
Elképzelhető, hogy az ISP (Telekom) szerver oldalról dobálta el a kapcsolatot, mert túl sok UPnP lekérés volt? Egy 4 terás vinyó volt rádugva az USB-re tele mindenfélével. Lehet, hogy túl sok lekérdezés érkezett emiatt, mondjuk valami média adatbázis felépítése/frissítése miatt? Vagy még akár azt is el tudom képzelni, hogy kívülről próbáltak hozzáférni a vinyó tartalmához az UPnP protokollon keresztül.
Néztem a neten, hogy mások is panaszkodtak erre, hogy UPnP-vel droppolta a net kapcsolatukat a router.
Most kikapcsoltam a WAN lapon is, meg a MiniUPnP-t is. Most csak sima Samba szerverként érem el LAN-on keresztül. A VLC így is eléri a fileokat, és le is játssza. Remélem így már nem jön elő a probléma.