A gyári szoftver és a FreshTomato is kezeli a HW NAT gyorsítást.
Nálam 920-940 Mbps körül jön lefelé PPPoE kapcsolaton (gigás Digi optika).

A HW NAT viszont automatikusan kikapcsol ha bármilyen QoS funkció engedélyezve van. Ilyenkor szokott 400-500 Mbps környékére beesni. Szerintem itt lesz a hiba nálad is.
Nézd meg nincs-e valami QoS engedélyezve.