Na, megoldódott a dolog.
Itt találtam meg a megoldást: [link]

A lényeg, hogy bizonyos Gigabyte alaplapoknál előfordul, hogy átírják a WD Green vinyó geometria adatait és emiatt fele akkorának látszik a vinyó.
A HDAT2 progival sikerült javítani és most már működik jól.

Egyébként a jelenség az volt, hogy egy másik gépben megformáztam és megpakoltam a vinyót - úgy 7-800GB adattal, majd áttettem a gigabyte alaplapos gépbe.
A Windows betöltődése után - ami egy másik hdd-n van - látom, hogy 1TB RAW-nak látja a vinyót. Ami a legrosszabb volt, hogy innentől már a másik gép is ennek látta és én azzal próbálkoztam, hogy töröltem a partíciót azt feltételezve, hogy majd akkor látni fogja a gép a 2TB-ot de nem...
A HDAT2 progival rendbe tettem de a partíció az ugrott, szóval újból fel kellett másolnom az adatokat .
Viszont a HDAT2-vel történt rendbe tétel óta már jó a gigabyte alaplaos gépben is.