csak sorban:

var event = jQuery.event - ez pontosan mit akar itt jelenteni? Melyik esemény megy bele az event változóba?

a jQuery.event objektum kerül az event-be (rövidebb, átláthatóbb)

setup() miért false-al tér vissza?

a return false itt az alapértelmezett működést akadályozza meg. bővebben: [link]

teardown() na az mi? és ott is miért fasle-al tér vissza?

a return false itt is ugyanezt jelenti, mint a többi esetben.

na és itt handler() miért van?

lásd a lenti linket

var az változót definiál, de én még nem láttam soha sem ezt a sort: var auto = false, id; ez most micsoda? Két értéket adok meg egy változónak?

két változót egy var-ban definiál, csak az egyiknek értéket is ad

Az algoritmusát valaki eltudná nekem magyarázni?
Illetve a bind('start', start) - ennél a 'start' a start egy javascript event type lenne? Nézegettem javascriptes event type-kat de nem találtam meg konkrétan a start vagy stop-ot, de click, mouseover és társait megleltem.

az event.special alapjairól, működéséről itt olvashatsz.