"a Windows gyors fájlhelyreállítási funkciójával felújíthatom az OS-t"
Hogy mi van? Ezt kifejtenéd? Egy friss OS-nél miért is kéne fájlhelyreállítási funkció?

"Amikor átklónoznak egy HDD-s OS-t SSD-re, akkor a HDD-ről letörlik az eredeti OS-t?"
Nem. A klónozásnak az a lényege, hogy klónozva van.