A konfigurációról: (forrás)

In a standard installation, the configuration files go in %AppData%\Notepad++\. (For a refresher course on %AppData%, see the Community Forum FAQ’s %AppData% entry.)

In a portable installation, the configuration files go in the same directory as the notepad++.exe executable. (An installation is treated as “portable” if the zero-byte doLocalConf.xml file is present alongside the notepad++.exe executable. The ? menu’s Debug Info will show Local mode: ON for a portable version.)

Tehát csak a %AppData%\Notepad++\ könyvtárat kell lementeni (vagy portable verzió esetén a Notepad++ saját könyvtárát).

A "gombócokat" (hivatalosan bookmark ) a session.xml file-ban tárolja, pl. <Mark line="6">