Üdv!
Nem próbáltad új beállításokkal indítani a klienst? Tehát az admin felületen leállítani a transmission-t, majd a pendrive-ról törölni a /transmission mappa tartalmát, aztán újra elindítani a klienst.
Ma fordítottam friss összeállításokat, ezekben már a 4.0.4-es transmission van. Erről tudjuk, hogy az alap konfiggal van egy kis hibája, mégpedig, hogy default aktív benne a whitelist, ezért első indítás után át kell írni a konfigot SSH-n, hogy be tudj lépni a WebUI-ba, de azután semmi baja. Amúgy én nem használok transmission-t, de múltkor próbáltam ezt reprodukálni a teszt routeren, letöltöttem 3-4 torrentet, ment másnapig a seed, de nem volt semmi baja.