Valami nem jó nálad, mert az mkdir ~/torrent/.downloading/ parancs a saját home-odban hozza létre az adott könyvtárat, ahhoz meg nem kell root jog. Nem lehet, hogy több user van a rendszerben és az egyikkel installáltad a másikkal meg futtani akarod? Az rtorrent is azért nem indulhat el automatikusan, mert ezzel a user-rel akarja futtatni, ami nem megy (ugye az rtorrent is csak sudoval megy)
Idemásolnál egy whoami és egy stat -c %U ~/torrent kimenetet? (vagy elég,ha csak összehasonlítod őket)