Ha egyszeri alkalom, akkor ez a leggyorsabb megoldás szerintem:
1. átnevezed az SQL-ben lévő táblát A-ra
2. beimportálod az excel táblát B néven
3. csinálsz egy inner join lekérdezést az egyező oszlopok mentén és onnan veszed a megfelelő oszlopot, ahonnan meg akarod tartani.
4. Az így kapott lekérdezést kiküldöd a megfelelő táblába (SELECT INTO)

Ha gyakran lesz szükség erre a műveletre, akkor írsz rá tárolt eljárást, ami soronként végigmegy az excel táblán (MSSQL2005 előtt ehhez előbb temp-be importálni kell, MSSQL2005-ben direktben lekérdezhető), és a megfelelő sorokat módosítja az SQL táblán.

Ha profi vagy és nagyon tudsz szkriptelni, akkor megpróbálható ugyanez DTS-sel/SSIS-sel is.

Az első szabvány SQL-92 parancsokkal megoldható, a másodikhoz már kell egy kis folyamatvezérlés is, a harmadik meg csak MSSQL-lel működik.