Arra a könyvtárra gondolsz, ahol a szinkronizált fájlokat tárolja?

[Owncloud könyvtára]/config/config.php és ebben a 'datadirectory' => sort kell átírni, amire szeretnéd, és átmásolni a fájlokat az új helyre. Ja és ne felejts el jogokat állítani.