"a 6/1990. KöHém rendelet rendelkezik arról, hogy minek kell megfelelnie az autónak. A gumiabroncsról azt írja, hogy azonos méretűnek kell lennie,..."

Ezzel mi a gondod. A kereknek azonos méretűeknek kell lennie. De ez nem szabályozza, hogy mekkorának. A használható méretet/méreteket a gyártó határozza meg és engedélyezteti.
Egyedi esetben, típus módosítást te is kérhetsz, bár ez a kérék méret változtatása esetében nem lesz egyszerű.

"teljes átmérőre hivatkozik, tehát ez lehet az alap. vagyis egy autóra minden olyan gumi felszerelhető, aminek a teljes átmérője egyezik valamelyik, típusengedélyben feltüntetett, gumiátmérővel."

Nem valamelyik típus engedélyben, ha nem az adott jármű típusengedélyében.
Előfordul olyan felállás, ahol a kéziváltós változatban kettő kerékméret használata engedélyezett, az automataváltós változatban viszont csak egyetlen méret használható. (Ez esetben nem a biztonság, hanem a váltószerkezet kímélése az ok.)

Talán érthetőbb a magyarázat.
A KöHém rendelet csak az általános keret adja szabályzáshoz.
A konkrét paramétereket a típus engedélyeztetésénél határozzák meg.