"komolyabban a PXE technológiával nem foglalkoztam ezidáig.": ez dhcp szerver kérdés.
"Egy jól beállított Master Disket lecserélni/javítani egy ideig biztos nem kell, ha meg igen, akkor a legtisztább az, ha a különbözeti lemezeket is töröljük.": a master disket az első windows upgrade-nél javítani kellene. ha pedig a különbözeti lemezeit törlöd, akkor fejbevágtad a windowsok egyedivé tételét, sysprepet vagy minek hívják.